동물매개치료의 방법은 치료자의 역량과 클라이언트의 상태에 따라서 Case By Case방식으로 적용해야 하지만 동물매개치료사나 자원봉사자가 치료도우미동물을 데리고 클라이언트의 집이나 시설, 병원 등을 방문하여 프로그램을 진행하는 방문형과 동물매개치료실이나 시설 등에서 치료도우미 동물을 직접 기르면서 클라이언트의 치료에 활용하는 사육형과 특별한 시설을 갖추지 않으면 이용할 수 없는 승마치료 등과 같이 치료사와 클라이언트가 동물이 있는 장소로 가서 접촉하는 활동형 등이 있다.